为提高拍摄效率,导演乌尔善透露,剧组做了一些很重要的探索:“首先是在我们拍摄的主要的摄影棚,专门搭了为灯光工作的桁架,就不用在现场来改变灯的位置,这是一个非常高效率的工作方式。”场景美术团队在一万平米的摄影棚里搭建了饕餮追袭姬发的原始森林,而灯光组也要在万米摄影棚上面吊满了灯。摄影指导王昱在特辑里透露:“你看郝峰老师(灯光指导)正在装车,杀青那天他夸张地说我得装两个月,才能把这些灯运回北京。”至于在情报单位相互斗法,乃至于角色刻划上,《秘密入侵》也同样拥有更浓厚的谍报气息,尤其在山谬杰克森饰演的尼克福瑞一角上头,更是颇具曾改编为同名电影,由约翰勒卡雷所写的经典谍报小说《冷战谍魂》的影子。